isolasi bakteri

LAPORAN TETAP

PRAKTIKUM DASAR-DASAR MIKROBIOLOGI AKUATIK

ISOLASI BAKTERI

SOFIATUL RAHMANI

05051181419058

 JURUSAN AKUAKULTUR

DAN TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS SRIWIJAYA

2015

BAB 1

PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

         Isolasi suatu mikrobia ialah memisahkan mikrobia tersebut dari lingkungannya di alam dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam medium buatan. Isolasi harus diketahui cara-cara menanam dan menumbuhkan mikrobia pada medium biakan serta syarat-syarat lain untuk pertumbuhannya. Memindahkan bakteri dari medium lama kedalam medium yang baru diperlukan ketelitian dan pengsterilan alat-alat yang digunakan, supaya dapat dihindari terjadinya kontaminasi. Pada pemindahan bakteri dicawan petri setelah agar baru, maka cawan petri tersebut harus dibalik, hal ini berfungsi untuk menghindari adanya tetesan air yang mungkin melekat pada dinding tutup cawan petri (Alam dkk. 2013)

         Bakteri mudah ditemukan di air, udara dan tanah. Mereka hidup dalam suatu koloni, baik bersimbiose, bebas ataupun parasit pada makhluk hidup. Jumlah bakteri di alam sangat melimpah dengan keragaman yang sangat tinggi. Untuk mempelajari kehidupan dan keragaman bakteri, diperlukan suatu usaha untuk mengembakbiakkan mereka dalam skala laboratorium. Pengembangbiakan ini dilakukan dengan menumbuhkan bakteri dari sumber isolat, seperti tanah, udara, sisa makanan, dan lain-lain, dalam media yang mengandung nutrisi. Media pertumbuhan bakteri sangat beragam, mulai dari media selektif, media penyubur, media diferensial, dll. Masing-masing media memiliki fungsi berbeda dan digunakan tergantung tujuan dari praktikan. Dalam mempelajari sifat pertumbuhan dari masing-masing jenis mikroorganisme, maka mikroorganisme tersebut harus dipisahkan satu dengan yang lainnya, sehingga didapatkan kultur murni yang disebut isolat. Kultur murni merupakan suatu biakan yang terdiri dari sel-sel dari satu species atau satu galur mikroorganisme. Kultur murni diperoleh dengan cara isolasi menggunakan metode tuang maupun gores (Elfita, 2010).

Dalam kegiatan mikrobiologi pembuatan isolasi dilakukan dengan cara mengambil sampel mikroba dari lingkungan yang ingin diteliti. Dari sampel tersebut kemudian dikultur/dibiakan dengan menggunakan media universal atau media selektif, tergantung tujuan yang ingin dicapai. Untuk mendapatkan atau menumbuhkan jenis mikroorganisme tertentu, maka dilakukan isolasi. Dengan isolasi inilah dapat diidentifikasi jenis bakteri tertentu baik dari kelimpahan maupun morfologinya. Isolasi bakteri merupakan suatu cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentu dari lingkungannya sehingga diperoleh kultur murni atau biakan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Kultur murni atau biakan murni sangat berguna didalam mikrobiologi, yaitu untuk menelaah dan mengidentifikasi mikroorganisme, termasuk penelaahan ciri-ciri cultural, morfologis, fisiologis, maupun serologis, memerlukan suatu popolasi yang terdiri dari satu macam mikroorganisme saja. Sebelum mengisolasi, harus diketahui mikroba apa yang akan diisolasi dan habitatnya menentukan sampel dan media apa yang akan digunakan. Pemilihan mikroba sebagai sumber enzim mempunyai beberapa keuntungan bila dibandingkan yang diisolasi dari tanaman ataupun hewan. Antara lain adalah sel mikroba relatif lebih mudah ditumbuhkan, kecepatan pertumbuhan relatif lebih cepat, skala produksi sel lebih mudah ditingkatkan bila dikehendaki produksi yang lebih besar, biaya produksinya relatif rendah, kondisi selama produksi tidak tergantung oleh adanya pergantian musim dan waktu yang dibutuhkan dalam proses produksi lebih pendek (Torben,2007)

1.2.  Tujuan

        Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mempelajari cara mengisolasi mikroba dari berbagai metode.

BAB 2

TINJAUAN PUSTAKA

2.1.  Isolasi Bakteri

Isolasi adalah mengambil mikroorganisme yang terdapat di alam dan menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya. Isolasi bakteri atau biakan yang terdiri dari satu jenis mikroorganisme (bakteri) dikenal sebagai biakan murni atau biakan aksenik. Biakan yang berisi lebih dari satu macam mikroorganisme (bakteri) dikenal sebagai biakan campuran, jika hanya terdiri dari dua jenis mikroorganisme, yang dengan sengaja dipelihara satu sama lain dalam asosiasi, dikenal sebagai biakan dua-jenis (Alam dkk, 2013)

Mikroorganisme tidak memerlukan banyak ruangan untuk perkembangannya, sebab itu media buatan (agar) dapat dimasukkan ke dalam sebuah tabung percobaan labu atau cawan Petri. Pada permulaannya tabung atau cawan Petri harus dalam keadaan steril (bebas dari setiap mikroorganisme hidup) lalu setelah itu dimasukkan mikrobia yang diinginkan, tabung atau cawan harus dilindungi terhadap kontaminasi dari luar. Sumber utama pencemaran dari luar adalah udara, yang banyak mengandung mikroorganisme yang berterbangan. Bentuk cawan petri, dengan tutup yang saling menyelubungi, dirancang untuk mencegah pencemaran udara (Alam dkk, 2013)

Media agar merupakan substrat yang sangat baik untuk memisahkan campuran mikroorganisme sehingga masing-masing jenisnya menjadi terpisah-pisah. Teknik yang digunakan untuk menumbuhkan mikroorganisme pada media agar memungkinkannya tumbuh dengan agak berjauhan dari sesamanya, juga memungkinkan setiap selnya berhimpun membentuk koloni, yaitu sekelompok massa sel yang dapat dilihat dengan mata telanjang. Bahan yang diinokulasikan pada medium disebut inokulum, dengan menginokulasi medium agar nutrient dengan metode cawan gores atau media cawan tuang, sel-sel mikroorganisme akan terpisah sendiri-sendiri. Setelah inkubasi, sel-sel mikroba individu memperbanyak diri secara cepat sehingga dalam waktu 18-24 jam terbentuklah massa sel yang dapat dilihat dan dinamakan koloni. Koloni dapat terlihat oleh mata telanjang. Setiap koloni merupakan biakan murni satu macam mikroorganisme (Joddi, 2006).

2.2.  Metode Isolasi

      Mikroba yang hidup di alam terdapat sebagai populasi campuran dari bebagai jenis mikrobia yang berbeda prinsip dari isolasi mikrobia dalam memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya dari lingkungannya dialam dan ditumbuhkan dalam medium buatan. Pertumbuhan mikroba dapat dilakukan dalam medium padat, karena dalam medium padat sel-sel mikroba akan terbentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya, ada beberapa teknik isolasi mikroba yakni (Wati, 2013)

1.      Metode gores atau streak plate menggunakan loop ose dan menggoreskannya ke permukaan medium agar dengan pola tertentu dengan harapan pada ujung goresan, hanya sel-sel bakteri tunggal yang terlepas dari ose dan menempel ke medium. Sel-sel bakteri tunggal ini akan membentuk koloni tunggal yang kemudian dapat dipindahkan ke medium selanjutnya agar didapatkan biakan murni.

2.      Metode tuang atau pour plate dilakukan dengan 2 cara, yaitu dengan mencampur suspensi bakteri dengan medium agar pada suhu 50ºC kemudian menuangkannya pada petridisk atau dengan menyemprotkan suspensi pada dasar petridisk, kemudian menuang medium agar keatasnya dan diaduk. Setelah agar mengeras, bakteri akan berada pada tempatnya masing-masing dan diharapkan bakteri tidak mengelompok sehingga terbentuk koloni tunggal.

3.      Metode sebar atau spread plate dilakukan dengan menyemprotkan suspensi ke atas medium agar kemudian menyebarkannya secara merata dengan trigalski. Dengan ini diharapkan bakteri terpisah secara individual, kemudian dapat tumbuh menjadi koloni tunggal (Wati, 2013)

2.3.  Jenis-Jenis Bakteri

2.3.1.      Bakteri Termofilik

Mikroorganisme termofilik merupakan mikroorganisme yang tahan terhadap suhu tinggi dengan suhu optimum pertumbuhan mencapai lebih dari 60 ^OC. Salah  satu pemanfaatan mikoorganisme termofilik yaitu sebagai penghasil berbagai enzim yang bersifat termostabil. Enzim yang dapat dihasilkan dari mikroorganisme termofilik antara lain selulase, amilase, kitinase dan lipase (Rosliana, 2009)

Mikroorganisme termofilik mampu mensintesis molekul stabil pada kondisi panas, termasuk molekul enzim. Bioteknologi umumnya tertarik pada enzim dari mikroorganisme yang mendukung untuk bekerja dibawah kondisi normal dimana enzim dari mikroorganisme mesofilik akan mengalami denaturasi. Dengan alasan inilah enzim ini menjadi sasaran termasuk kelayakannya sebagai model untuk penelitian dan penyelidikan protein-protein yang bersifat termostabil dan kemampuannya sebagai biokatalis pada bioteknologi modern (Elfita, 2010).

2.3.2.      Bakteri Selulolitik Termofilik

Mikroorganisme selulolitik termofilik merupakan mikroorganisme termofilik yang dapat menghasilkan selulase. Isolasi bakteri penghasil  selulase  sangat  penting untuk dilakukan, mengingat besarnya potensi selulase pada industri antara lain industri makanan dan minuman, industri pulp dan kertas, industri tekstil, industri deterjen, industri pakan ternak dan pertanian. Bakteri penghasil selulase dapat diisolasi dari berbagai sumber, antara lain lambung sapi, kompos pertanian, sumber air panas. Salah satu sumber isolasi bakteri selulolitik termofilik alternatif aitu dari kompos pertanian, dimana penelitian tentang eksplorasi bakteri selulolitik termofilik di Indonesia pada umumnya dan di Jawa Tengah khususnya masih jarang dilakukan. Desa Bayat Klaten merupakan desa dengan potensi kompos yang besar dan belum dieksplorasi dengan maksimal. Pada penelitian ini dilakukan isolasi bakteri termofilik penghasil selulase dari kompos pertanian desa Bayat, Klaten dan dilakukan penentuan suhu optimum pertumbuhan bakteri selulolitik termofilik   (Elfita, 2010).

2.3.3.      Bakteri Mesofilik

       Mikroba yang hidup pada suhu kamar sampai paling tinggi 45 ^OC. Contoh : Methylococcus capsulatus, Azotobacter chroococcum, Clostridium pasteurianum, Rhizobium leguminosarum, Rhodospirillum rubnum, Bacillus subtilis, L. Bulgaricus, Clostridium butyricum, Bacillus mascerans, Clostridium sporongenes (wati, 2013).

2.3.4.      Bakteri Psikrofilik

Mikroba yang hidup pada suhu rendah sampai paling tinggi 25 ^OC. Contoh :

Bakteri yang hidup di laut (Fototrof), bakteri besi (Gallionella), Bacillus polymixa, Pseudomonas, Micrococcus, Clostridium botulinum E (Elfita, 2010).

Temperatur mempengeruhi pertumbuhan mikroorganisme dan kecepatan reaksi dalam pembentukkan biogas. Proses produksi biogas dapat terjadi dalam dua rentang temperatur, yaitu rentang temperatur mesofilik 25-45 ^OC dan rentang temperatur termofilik 56-60 ^OC. Temperatur kerja yang lebih tinggi akan memberikan hasil biogas yang lebih tinggi, namun pada temperatur yang terlalu tinggi bakteri akan mudah mati (Wati, 2013).

BAB 3

PELAKSANAAN PRAKTIKUM

2.4.   Waktu dan Tempat

Praktikum dasar-dasar mikrobiologi akuatik tentang isolasi bakteri dan penghitungan jumlah bakteri ini dilaksanakan pada hari Selasa, 03 Maret 2015 pukul 14.20 WIB sampai dengan selesai, di Ruang Seminar program studi Akuakultur, Fakultas Pertanian, Universitas Sriwijaya.

2.5.   Alat, Bahan dan Metoda

3.2.1. Alat

Alat yang digunakan dalam praktikum ini yakni seperti Bunsen, Cawan petri, Gelas Beker, Jarum Ose, Plastik Repting, Spatula kaca, Tabung reaksi.

3.2.2.  Bahan

            Bahan yang digunakan dalam praktikum yakni, Agar, Air coberan, Alkohol, Kaldu ikan, dan 2 Jenis rambut yang berbeda,

3.2.3.  Metoda

            Metoda yang digunakan dalampraktikum isolasi bakteri dan penghitungan jumlah bakteri adalah sebagai berikut:

1.  Metode gores dengan menggunakan tabung reaksi

1. Hidupkan bunsen.
2. Panaskan jarum ose menggunakan bunsen.
3. Ambil sampel ( sampel yang digunakan adalah air comberan ).
4. Goreskan ke dalam tabung reaksi yang telah diisi media agar sebelumnya.
5. Bungkus tabung reaksi menggunakan kertas.

2.  Metode gores dengan menggunakan cawan petri

1. Hidupkan bunsen.
2. Panaskan jarum ose menggunakan bunsen.
3. Ambil sampel ( sampel yang digunakan adalah air comberan ).
4. Goreskan jarum ose sampai kuadran 1-2.
5. Kemudian panaskan lagi jarum ose dan ambil sampel kembali.
6. Lanjutkan goresan jarum ose ke kuadran 3-4.
7. Tutup cawan petri, lalu rekatkan cawan petri menggunakan kertas repting.
8. Bungkus cawan petri menggunakan kertas.

3.  Metode sebar menggunakan cawan petri

1. Ambil cawan petri yang masih kosong.
2. Tuangkan sampel yang berisi rambut.
3. Panaskan spatula kaca yang telah disterilkan menggunakan alkohol.
4. Ratakan sampel menggunakan spatula kaca tersebut.
5. Tutup cawan petri, lalu rekatkan cawan petri menggunakan kertas repting.
6. Bungkus cawan petri menggunakan kertas.

4.  Metoda menghitung bakteri.

1. Buka bungkus kertas cawan petri dan tabung reaksi yang telah di inapkan selama 1 hari.
2. Hidupkan coloni counter, dengan menekan tombol ON pada coloni counter.
3. Letakkan cawan petri tepat dibawah kaca pembesar pada coloni counter.
4. Sebelum menghitung, aturlah terlebih dahulu angka pada coloni counter menjadi angka 0.
5. Amati cawan petri menggunakan kaca pembesar, lalu hitung menggunakan pensil atau pena untuk memposisikan bakteri yang ada.
6. Lalu catat hasil pengamatan bakteri yang ada.

BAB 4

HASIL DAN PEMBAHASAN

2.6.       Hasil

       Hasil perhitungan bakteri yang tumbuh dari praktikum penumbuhan bakteri di dalam media Agar ini adalah sebagai berikut pada tabel :

Tabel. 1. hasil perhitungan

No.	Metode	Sampel		Perhitungan
		Air comberan	Air rambut
1.	Gores	ü	-	1x 10126
2.	Sebar	ü	-	Tidak ada
		ü	ü	1 x1016
			ü	1 x 1048
			ü	1 x 10138

2.7.       Pembahasan

         Pada praktikum kali ini yang akan dilakukan adalah mengisolasi bakteri dan kemudian melakukan perhitungan bakteri. Di dalam praktikum hal yang paling utama harus dilakukan, yaitu melakukan praktikum dengan fokus sehingga meminimalisir kesalahan yang akan terjadi di dalam praktikum. Dalam praktikum ini mengharuskan kita untuk melakukan sterilisasi dan pastikan semua alat benar-benar telah steril. Apabila meragukan alat tersebut telah disterilkan atau belum, sebaik dilakukan sterilisasi ulang pada alat tersebut untuk memastikan alat tersebut telah steril. Kemudian disini penggunaan media agar PCA, apabila media agar tidak membeku sempurna atau belum memenuhi kriteria media agar yang bagus untuk media penumbuhan bakteri akan menyebabkan pada saat setelah dikeluarkan dari dalam oven hasilnya bakteri yang ditanamkan tidak tumbuh atau hasilnya akan gagal. Namun, perlu diperhatikan lagi pada saat larutan PCA telah dimasukkan ke dalam cawan petri akan dilakukan pengerakkan cawan petri dengan membentuk angka 8. Pada saat itu lakukan dengan perlahan saja tidak terlalu cepat juga tidak terlalu lambat, karena apabila terlalu cepat akan menyebabkan struktur daripada media agar rusak. Apabila telah rusak dan sampai tidak dapat membeku dengan sempurna akan sama halnya yang terjadi pada yang dari awal telah tidak dapat membeku dengan sempurna dan hasilnya akan negatif atau gagal.

Setelah di inkubasi selama 24 jam diperoleh hasil pertumbuhan mikroba. Penggoresan media yang benar dan baik akan terlihat hasil biakan bakteri murni pada satu titik koloni pada kuadran empat, sedangakn pada praktikum ini media isolasi bakteri telah mengalami kesalahan pengoresan sehingga tidak didapatkan biakan murni bakteri pada satu titik pada kuadran empat, melainkan terdapat banyak titik biakan dan bakteri pada alur penggoresan, kesalahan penggoresan ini mungkin terjadi pada saat jarum ose tidak didinginkan terlebih dahulu, sehingga penggoresan pada setiap kuadaran penggoresan terlalu dalam dan tidak melemah sesuai dengan metode yang ada.

BAB 5

KESIMPULAN DAN SARAN

5.1.  Kesimpulan

1.      Isolasi suatu mikrobia ialah memisahkan mikrobia tersebut dari lingkungannya di alam dan menumbuhkannya sebagai biakan murni dalam medium buatan.

2.      Media agar merupakan substrat yang sangat baik untuk memisahkan campuran mikroorganisme sehingga masing-masing jenisnya menjadi terpisah-pisah.

3.      Ada 2 metode isolasi yang digunakkan saat praktikum yaitu metode gored dan metode tebar.

4.      Teknik yang digunakan untuk menumbuhkan mikroorganisme pada media agar memungkinkannya tumbuh dengan agak berjauhan dari sesamanya, juga memungkinkan setiap selnya berhimpun membentuk koloni.

5.      Sel-sel mikroba individu memperbanyak diri secara cepat sehingga dalam waktu 18-24 jam terbentuklah massa sel yang dapat dilihat dan dinamakan koloni. Koloni dapat terlihat oleh mata telanjang.

5.2. Saran

        Dari praktikum yang dilakukan ini sebaiknya kita menggunakkan 4 metode yaitu metode tuang, gores, terbar, dan tusuk jadi praktikan mendapatkan perbandingan dari masing-masing metode.

DAFTAR PUSTAKA

Afriyanto Eddy. 2005. Pakan Ikan dan Perkembangannya. Penerbit Kanisius

        Jakarta.

Alam, M.S, Sarjono P.R, Aminin, A.L.N. 2013. Isolasi Bakteri Selulolitik Termofilik Kompos Pertanian Desa Bayat, Klaten, Jawa Tengah. Chem Info. No.1(1) :

       190-195.

Candra, Joddi Iryadi. 2006. Isolasi dan Karakteristik Bakteri Asam Laktat Dari Produk Bekasam Ikan Bandeng (Chanos chanos).[Skripsi]. Institut Pertanian

       Bogor : Bogor.

Elfita, Muharni, Munawar, Salni, dan Ade Oktasari. 2010. Senyawa Antimalaria dari Jamur Endofitik Tumbuhan Sambiloto (Andographis paniculata Nees). Jurnal

       Natur Indonesia. No.13(2) : 123-129.

Rosliana. 2009. Isolasi Bakteri dan Uji Aktivitas Protease Termofilik dari Sumber Air Panas Sipoholon Tapanuli Utara Sumatera Utara. [Tesis]. Sekolah

       Pascasarjana Universitas Sumatera Utara : Medan.

Singleton Paul. 2006. Dictionary of Microbiology And Molecular Biology Third

       Edition. John wiley & Sons Inc. : England.

Skou Torben dan Sogaard Jensen Gunnar. 2007. Microbiologi. Forfattern Og

       Systime : England.

Wati, Dwi Setiana, Rukmanasari Dwi Prasetyani. 2013. Pembuatan Biogas dari Limbah Cair Industri Bioetanol Melalui Proses Anaerob (Fermentasi). Universitas Diponegoro : Semarang.